La stabilité explique que les scientifiques « augmentent la probabilité que les futurs vaccins aient un taux d’efficacité plus élevé ». Mais pas seulement: « Une fois que les antiviraux directs auront été établis, le séquençage sera essentiel pour surveiller l’apparence et la propagation de la mutations de résistance aux thérapies antivirales «
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Engagé dans les services pour sauver la vie des patients atteints de Covid 19, mais appliqué sans relâche dans les laboratoires pour essayer de mieux connaître le virus qui met le monde à genoux. tous les ‘Institut Spallanzani de Rome – qui a aujourd’hui donné son congé à 126 patients et qui traite 202 personnes dont 25 en soins intensifs – a utilisé un nouveau kit pour obtenir séquençage complet du génome de Sars Cov2. Le laboratoire de virologie, qui fut l’un des tout premiers centres de recherche en Europe et le premier en Italie à générer des données de séquençage pour l’ensemble du génome du nouveau coronavirus, a utilisé ce nouveau kit pour analyser le virus directement à partir du échantillons cliniques, grâce aux méthodes de dernière génération rendues possibles par séquenceurs à haut débit, et ainsi explorer la variabilité intrinsèque du génome viral.
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«La capacité de séquencer rapidement plusieurs échantillons cliniques et de déchiffrer avec précision les changements clés le code génétique du virus est crucial pour le connaître mieux et développer des stratégies pour le combattre – explique-t-il Maria Rosaria Capobianchi -. Grâce à la puissance de haute résolution obtenue avec ce type de séquençage NGS, nous sommes en mesure d’analyser la présence de variantes même minoritaires qui sont générés au cours de la réplication virale. Cela n’est généralement pas possible avec d’autres approches de séquençage massif (par exemple, fusil de chasse), car la couverture le long du génome n’est pas uniforme et une charge virale très élevée est nécessaire pour obtenir un séquençage complet et informatif «
En plus de reconstruire la séquence complète du génome viral pour chaque échantillon, il a été possible de visualiser chaque échantillon clinique en utilisant cette approche la présence de génomes présentant des positions variées par rapport au génome dominant. Cette observation a fourni la preuve que le virus se comporte comme les autres virus à ARN, développer une quasi-espèce au sein de chaque individu infecté.
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« Les données suggèrent que, tout en présentant la capacité de varier grâce à son enzyme réplicative qui n’est pas parfaitement fidèle, en général, le génome du virus est stable, ce qui augmente la probabilité que les futurs vaccins aient un taux d’efficacité plus élevé – poursuit Capobianchi – Les séquences obtenues rapidement et leur partage avec la communauté scientifique sont essentiels pour mieux comprendre l’épidémiologie et la propagation de Covid 19. Ces résultats jettent les bases de l’étude des quasi-espèces virales et de la plasticité du génome et fourniront des indices sur la dynamique virale et l’émergence de variantes pouvant avoir un impact pathogène. «
La disponibilité en temps opportun des séquences est cruciale – poursuit la note – lors des épidémies: plus les séquences complètes du virus sont nombreuses, mieux vous pouvez suivre la trajectoire évolutive du virus, identifier d’éventuelles variantes plus pathogènes, surveiller en permanence la fiabilité des méthodes de diagnostic, identifier les cibles d’un vaccin potentiel et suivre les chaînes de transmission. De plus, uune fois les antiviraux directs établisle séquençage sera essentiel pour surveiller l’émergence et la propagation des mutations de résistance aux thérapies antivirales.
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À cet égard, la possibilité de réaliser un séquençage génomique complet à grande échelle rendra la contribution italienne à la base de données internationale Gisaid et à d’autres plateformes de partage des séquences génomiques du virus encore plus active. Les prochaines étapes seront de continuer à séquencer plusieurs échantillons, déterminer la signification biologique des variantes génétiques et étudier le chemin évolutif du coronavirus. Ces données préliminaires nécessitent évidemment une confirmation et une analyse plus approfondie, mais jettent les bases d’une meilleure compréhension de ce nouveau virus qui constitue une grave menace pour l’humanité.
«Une connaissance toujours meilleure de ce virus est à la base de chaque décision d’un point de vue clinique et épidémiologique – conclut Marta Branca, directrice générale de Spallanzani – notre institut, en plus d’être une référence pour le traitement des maladies infectieuses telles que Covid 19 est maintenant engagé dans une délicate activité d’assistance vers les décideurs politiques nationaux et régionaux: il est donc crucial que nos chercheurs disposent d’outils de plus en plus précis pour mieux comprendre le comportement de ce pathogène et tenter d’anticiper sa trajectoire évolutive « .
