Définition de cas de laboratoire du SRAS (LCD)

Esoteric Agenda (2008)

Le Réseau de laboratoires de santé publique a élaboré une définition de cas standard pour le diagnostic des maladies à déclaration obligatoire en Australie. Cette page contient la définition de cas de laboratoire pour le SRAS.

Dernière mise à jour de la page: 27 novembre 2014

Version: 1
Autorisation: PHLN
Date du consensus: 17 novembre 2014

1 Définition sommaire de laboratoire du PHLN

1.1 Condition:

Infection par le coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV)

1.1.1 Critères définitifs (1)

• Isolement du virus en culture cellulaire de SARS-CoV à partir de n’importe quel échantillon, avec confirmation par PCR en utilisant une méthode validée.
• Positif sur un test NAD validé spécifique au SARS Co-V
  • sur au moins 2 échantillons cliniques différents (par exemple, écouvillon nasopharyngé et selles)
    OU
  • les 2 échantillons ou plus d’un même site prélevés sur 2 jours ou plus au cours de la maladie
    OU
  • 2 tests différents ou répétez les tests NAD en utilisant un nouvel extrait d’ARN de l’échantillon clinique d’origine à chaque fois.
• Séroconversion ou augmentation de quatre fois ou plus des anticorps par neutralisation, dosage immuno-enzymatique (ELISA *) ou dosage par immunofluorescence (IFA) *

* Les anticorps viraux détectés par EIA ou IFA doivent être confirmés par neutralisation pour exclure les réactions sérologiques croisées avec d’autres coronavirus circulants.

1.1.2 Considérations spéciales

• Le coronavirus du SRAS est un organisme de niveau de biosécurité (BSL) 3 et la manipulation de virus viables, tels que les tests d’isolement ou de neutralisation, ne doit être tentée que dans un laboratoire PC3 ou PC4 (2, 3). Les échantillons cliniques non traités qui peuvent contenir le SRAS-CoV doivent être manipulés en laboratoire avec des précautions BSL-2 renforcées (2, 3). Les échantillons contenant le virus inactivé peuvent être manipulés en utilisant les précautions de routine BSL-2 (2, 3).
• En l’absence de transmission actuelle du SRAS-CoV dans le monde (depuis 2004), les tests devraient être sélectifs (4). Les résultats positifs des tests doivent être confirmés dans un laboratoire du Réseau de référence et de vérification du SRAS de l’OMS (5).
• Les approches diagnostiques doivent être discutées avec le laboratoire PHLN concerné avant d’effectuer le prélèvement d’échantillons.
• Laboratoires de référence et de vérification de l’OMS en Australie (5):
  • Laboratoire victorien des maladies infectieuses, 792 Elizabeth Street, Melbourne, 3000, Victoria, Australie. Tél: +61 (3) 9342 9600; Télécopie: +61 (3) 9342 9666
  • Santé animale: CSIRO Australian Animal Health Laboratory, Private Bag 24, East Geelong, Victoria, 3219, Australie Tel: +61 (3) 5227 5000; Télécopie +61 (3) 5227 5555.

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2 Introduction

Le coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV) a provoqué une pneumonie virale qui avait un taux de mortalité d’environ 10%, lors d’une pandémie en 2002 et 2003 (6). Il est originaire du sud de la Chine et des souches étroitement apparentées ont été trouvées chez les chauves-souris en fer à cheval, les civettes de palmier et d’autres mammifères (6). On pensait qu’il avait franchi la barrière des espèces pour l’homme en raison de la pratique de l’utilisation du gibier sauvage comme source de nourriture (6). En 2004, un virus d’une lignée distincte de la souche pandémique a provoqué une épidémie localisée et a illustré le potentiel de réémergence (6). La majorité des cas de SRAS ont été transmis de personne à personne (6). Le contact avec des gouttelettes ou des fomites respiratoires était la voie de transmission la plus importante (6). Le virus a été trouvé dans les larmes, l’urine et les excréments et ceux-ci peuvent agir comme sources d’infection (6).

Les coronavirus sont des virus à ARN de la famille Coronaviridae (7). Certains coronavirus (par exemple HKU1, OC43, NL63, 229E) circulent régulièrement parmi la population humaine et provoquent principalement des infections des voies respiratoires légères (7). Ils ont une enveloppe de lipoprotéines qui entoure la protéine nucléocapside (N) et l’ARN génomique (7). L’enveloppe contient des protéines membranaires (M), des protéines d’enveloppe (E) et des protéines de pointe (S) (7). Les protéines S forment des projections donnant au virus l’aspect corona caractéristique (7). Dans le SRAS-CoV, la protéine S se lie à l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2), le principal récepteur du virus sur les cellules hôtes (6). L’ACE2 se trouve sur les poumons, le cœur, les reins, l’endothélium vasculaire, l’intestin, le foie et les tissus testiculaires (6).

La période d’incubation du SRAS est généralement de 2 à 14 jours (6). La présentation clinique se compose généralement des symptômes systémiques et respiratoires d’une pneumonie virale (6). La rhinorrhée et le mal de gorge sont moins fréquents. La détérioration survient généralement une semaine après le début des symptômes et était souvent associée à la diarrhée (6). Les autres caractéristiques comprennent un dysfonctionnement hépatique, des étourdissements, des convulsions, une myosite et des pétéchies (6). L’analyse d’urine peut être anormale et est associée à des charges virales urinaires élevées (6). L’heure maximale de transmission est de 5 jours ou plus après le début des symptômes (6). La charge virale maximale dans les sécrétions nasopharyngées est de 10 jours après les symptômes (6). Des charges virales nasopharyngées et sériques plus élevées sont associées à une pneumonie plus sévère et à une mortalité plus élevée (6). La grossesse et les comorbidités sont des facteurs de risque de mortalité (6).

Le diagnostic différentiel du SRAS comprend d’autres causes de pneumonie virale, telles que les virus de la grippe, le virus respiratoire syncytial, les parainfluenzavirus, les rhinovirus, le métapneumovirus, les entérovirus et d’autres coronavirus (1). Le coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV) a été décrit en 2012 et est également associé à une pneumonie virale sévère (8). Les causes non virales de pneumonie atypique comprennent Legionella pneumophila, Legionella longbeachae, Pneumonie à Mycoplasma, Pneumonie à Chamydophila, Chamydophila psittaci, et Coxiella burnetii.

La gestion des cas de SRAS consiste en une thérapie de soutien et la prévention de la transmission par la reconnaissance rapide des cas, la mise en œuvre de mesures de contrôle des infections et la recherche des contacts (6).

Pour les patients dans les établissements de santé, il est recommandé que les précautions restent en place pendant 10 jours après la résolution de la maladie (9). Les lignes directrices australiennes conseillent aux patients en convalescence de rester à la maison pendant au moins 7 jours, puis de subir une évaluation clinique (10). Le CDC américain recommande que les patients externes restent à domicile autant que possible pendant 10 jours après la maladie (11).

On pense cependant que la transmission respiratoire se fait principalement par propagation de gouttelettes, car il peut y avoir un risque de transmission aéroportée, des précautions aéroportées (masques N95 testés pour l’ajustement) en plus des précautions de contact (blouse, gants, lunettes de protection) sont recommandées pour les soins de routine ( 6, 10). Idéalement, les patients hospitalisés devraient être hébergés dans des chambres individuelles à pression négative (isolation respiratoire) (10). Les respirateurs à épuration d’air motorisés (PAPR) sont recommandés pour fournir une protection supplémentaire pour les procédures qui génèrent des aérosols, telles que l’utilisation de la thérapie nébulisée, l’induction diagnostique des expectorations, la bronchoscopie, l’aspiration des voies aériennes et les trachéostomies, la ventilation à pression positive via un masque facial (BiPAP, CPAP) et ventilation oscillatoire à haute fréquence (10).

Le SRAS-CoV est stable dans l’environnement et peut rester viable dans les 2-3 jours sur des surfaces sèches (6). Elle s’est révélée viable dans les échantillons de selles pendant 4 jours et les sécrétions respiratoires pendant plus de 7 jours (6). Il est inactivé par des désinfectants, tels que l’eau de Javel (hypochlorite de sodium) et l’éthanol à 70%, et ceux-ci sont recommandés pour le nettoyage des surfaces (6, 10).

3 tests

Les algorithmes de dépistage des cas suspects d’infection par le SRAS-CoV sont basés sur des facteurs de risque épidémiologiques clairs et des caractéristiques cliniques (fièvre ≥38єC ou antécédents de fièvre et de symptômes respiratoires): voir les références (1) et (4). Des tests pour d’autres causes de pneumonie virale et atypique doivent également être effectués (voir rubrique 2.0). Des tests sélectifs pour le SRAS-CoV et la vérification des résultats par des laboratoires de référence sont nécessaires pour éviter une alarme basée sur des résultats faussement positifs.

3.1 Collecte et transport des échantillons

Les échantillons recommandés sont les voies respiratoires supérieures (par exemple les écouvillons nasopharyngés / écouvillons oropharyngés), les voies respiratoires inférieures (par exemple les expectorations), le sang (sérum et plasma) et les selles (12). Des tissus issus de biopsies ou d’examens post mortem peuvent également être utilisés (12). Cependant, les procédures de collecte générant des aérosols (par exemple, les aspirations nasopharyngées et les lavages bronchoalvéolaires) doivent être évitées si possible en raison des risques pour le personnel (12). Si nécessaire, ils doivent être effectués dans une pièce à pression négative avec des précautions respiratoires en place. Voir référence (12) pour plus de détails.

Pour minimiser l’inhibition de la RT-PCR, les écouvillons doivent être en dacron ou en rayonne (pas en alginate de calcium) et avoir des manches en plastique (pas en bois) (13). Les écouvillons et autres échantillons destinés à l’isolement viral peuvent être placés dans un milieu de transport viral (13). Les récipients pour échantillons doivent être stériles, étanches, correctement scellés et placés dans des sacs avec des surfaces externes propres (non contaminées): double sac, si nécessaire (2). Utilisez une «technique sans contact» lors de l’emballage des échantillons (2). Les échantillons ne doivent pas être transportés dans des systèmes de tubes pneumatiques, en raison du risque de fuite et de contamination généralisée (2). La plupart des spécimens doivent être expédiés sur de la glace (13). Il est recommandé que les laboratoires périphériques réalisent des aliquotes d’échantillons originaux qui peuvent être envoyés non ouverts aux laboratoires de référence pour vérifier les résultats positifs (5). Des tests séquentiels sont également recommandés (13).

3.2 Précautions de laboratoire

Le traitement initial en laboratoire des échantillons non traités doit être effectué en utilisant des précautions BSL2 améliorées (2, 3). Ceux-ci utilisent des installations BSL2 avec des précautions BSL3, y compris une protection respiratoire telle que des masques N95 / P2, des blouses jetables imperméables et une protection oculaire complète (2, 3). Des précautions de routine BSL2 peuvent être effectuées sur des échantillons qui ont été traités pour inactiver le virus, tels que des extraits d’acide nucléique pour la PCR (2, 3). Toute procédure impliquant un virus potentiellement viable nécessite toutes les précautions BSL3 et ne doit pas être tentée en dehors d’un laboratoire PC3 ou PC4 (2, 3). Pour plus de détails, voir les références (2) et (3).

3.3 Test d’acide nucléique (NAT

3.3.1 Spécimens appropriés

Le SRAS-CoV a été trouvé dans les sécrétions respiratoires, le liquide céphalorachidien, l’urine, le sang (plasma et sérum), les selles et les tissus (6).

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Ce sont des échantillons appropriés pour les tests d’acides nucléiques. Voir la référence (12) pour les échantillons recommandés à prélever sur les cas suspects de SRAS.

3.3.2 Tests d’acide nucléique

Les tests NAT-RT appropriés sont des tests RT-PCR ou d’autres méthodes qui ont été validées pour la détection du SRAS-CoV. La plupart des amorces ciblent le pol 1b cadre de lecture ouvertou le gène de la nucléocapside (6, 14) Les analyses qui ciblent les régions conservées entre le SRAS-CoV et d’autres coronavirus peuvent être utilisées comme test de routine (7). Des analyses spécifiques pour l’identification du SRAS-CoV peuvent ensuite être effectuées sur des échantillons positifs, si cela est justifié pour des raisons cliniques et épidémiologiques (4).

3.3.3 Sensibilité et spécificité

Les sensibilités des différents tests d’acides nucléiques sont résumées dans le tableau 4 de référence (6). Une RT-PCR ciblant le Orf 1b avait une sensibilité> 80%, lorsque des aspirateurs nasopharyngés étaient utilisés comme échantillons. La sensibilité clinique peut être améliorée en testant plusieurs échantillons de chaque patient (7).

Une comparaison de 6 méthodes de RT-PCR différentes pour la détection du SRAS-CoV a démontré des spécificités cliniques allant de 94 à 100% (15). L’amplification non spécifique de l’ADN des coronavirus circulants et la contamination sont des sources potentielles de résultats faussement positifs. Les tests sélectifs basés sur les caractéristiques cliniques et épidémiologiques, le séquençage des produits, la collecte de plusieurs échantillons ou extractions multiples et la vérification des résultats dans les laboratoires de référence permettent de minimiser le risque de résultats faussement positifs (5). Dans la mesure du possible, les produits des tests RT-PCR doivent être séquencés pour confirmer l’identité de l’acide nucléique amplifié.

3.3.4 Contrôles internes

Les contrôles positifs et négatifs pour le test des acides nucléiques doivent inclure: un contrôle négatif pour la procédure d’extraction, un contrôle négatif pour l’eau pour l’analyse, un contrôle positif pour l’extraction et l’analyse et un échantillon de patient enrichi d’un contrôle positif faible pour vérifier les inhibiteurs ( 16).

3.3.5 Assurance qualité

Les RT-PCR pour le SRAS-CoV dans les laboratoires de référence et de vérification de l’OMS ont été validés avec des échantillons de contrôle de qualité externes pendant l’épidémie. D’autres laboratoires du PHLN dotés d’une capacité NAT SARS-CoV ont participé au PAQ local et international.

3.3.6 Considérations spéciales

Les résultats négatifs des tests d’acide nucléique n’excluent pas l’infection. Bien qu’un résultat positif indique la présence d’acide nucléique du SRAS-CoV, le virus peut ne pas être viable ou présent en quantité suffisante pour provoquer une infection chez d’autres personnes (17).

3.4 Sérologie

3.4.1 Spécimens appropriés

Sérum aigu et convalescent. Voir la référence (12) pour le calendrier recommandé des collectes.

3.4.2 Tests sérologiques

Les tests sérologiques validés incluent les IFA et les ELISA et ceux-ci sont comparés en référence (6). La neutralisation du virus doit être effectuée sur des résultats positifs pour exclure les réactions croisées avec d’autres coronavirus (1).

3.4.3 Sensibilité et spécificité

Les résultats de sensibilité et de spécificité de divers tests sérologiques sont comparés en référence (6). La sensibilité augmente à partir de la deuxième semaine de maladie (6). Une étude de l’IFA utilisant un antigène fixe du SRAS-CoV a montré une sensibilité et une spécificité de 100% du 21e au 37e jour, dès le début de la fièvre (18). Cependant, 2% des témoins non infectés ont eu une réaction non spécifique avec des cellules cultivées non infectées. Les patients infectés par le SRAS-CoV peuvent également présenter une réaction croisée sur la sérologie du HCoV-229E et du HCoV-043 (19, 20). En raison du potentiel de réactivité croisée entre le SRAS-CoV et d’autres coronavrises, une neutralisation virale confirmative est recommandée (1).

3.4.4 Contrôles internes appropriés

Des contrôles positifs (haut, bas) et négatifs doivent être inclus pour valider chaque essai.

3.4.5 Assurance qualité

L’IFA pour le SRAS-CoV aux laboratoires de référence et de vérification de l’OMS a été validé avec des échantillons de contrôle de qualité externes pendant l’épidémie.

3.4.6 Considérations spéciales

Aucune détection d’anticorps après 21 jours après le début de la maladie indique que l’infection par le SRAS-CoV n’était pas présente (17).

La neutralisation virale ne doit être effectuée dans un laboratoire PC3 ou PC4 que par du personnel qualifié et avec les précautions appropriées (1).

3.5 Isolement viral

3.5.1 Spécimens appropriés

Le virus a été trouvé dans les sécrétions respiratoires, le liquide céphalorachidien, l’urine, les selles et les tissus et ce sont des échantillons appropriés pour la culture. Voir 3.1.

3.5.2 Culture cellulaire

Comparé à la plupart des autres coronavirus, le SRAS-CoV se développe bien en culture cellulaire (14). Cependant, les techniques de culture cellulaire ne sont généralement pas utilisées à des fins de diagnostic, en raison du risque infectieux et de la sensibilité réduite par rapport à la PCR à partir d’échantillons cliniques (14). Le SRAS-CoV se développe dans diverses lignées cellulaires, notamment les cellules Vero, Vero-E6, Caco-2, FRhK-4 et R-Mix (Diagnostic Hybrids Inc) (6). Le SRAS-CoV pousse mal certaines lignées cellulaires couramment utilisées pour la culture cellulaire de virus respiratoires: rein de singe rhésus, MDCK, Hep-2, MRC-5, AGMK, RDE et LLC-Mk2 (14). Le SRAS-CoV peut être détecté par microscopie électronique d’isolats viraux (7). Une identification spécifique peut être réalisée par neutralisation d’anticorps ou amplification d’acide nucléique et séquençage d’amplicon.

3.5.3 Considérations spéciales

Le SRAS-CoV est un organisme de niveau de biosécurité 3. Toute culture du virus ne doit être tentée que dans un laboratoire PC3 ou PC4, par du personnel qualifié et avec les précautions appropriées (2). Un résultat de culture cellulaire négatif n’exclut pas la présence de l’infection (17).

4.0 Méthodes de typage et de sous-typage convenues

Famille Coronaviridae, Genre Coronavirus, Groupe 2b, Espèce SARS-CoV.

Le SRAS-CoV peut être sous-typé selon l’analyse de la séquence nucléotidique en utilisant le typage de séquence multilocus, l’hélicase et l’ARN polymérase, et des séquences complètes (7, 21, 22).